Ομόφωνα αθωώθηκαν σε πρώτο βαθμό από το τριμελές εφετείο κακουργημάτων, με τη σύμφωνη γνώμη της εισαγγελέως, ο νυν γένικος διευθυντής της ΝΔ και πρώην διευθύνων σύμβουλος της ΣΤΑΣΥ, Νίκος Παπαθανάσης, και ο νυν διευθύνων σύμβουλος της εταιρείας και κομματικό στέλεχος του ΣΥΡΙΖΑ, Γιώργος Θωμόπουλος.
Και στους δύο είχε ασκηθεί ποινική διώξη σε βαθμό πλημμελημάτος για παράβαση καθήκοντος, ύστερα από πόρισμα που είχε συντάξει η γενική επιθεωρήτρια δημόσιας διοίκησης, Μάρη Παπασπύρου, σύμφωνα με το οποίο από τα τέλη του 2014 έως τα τέλη του 2015 έδρασε κύκλωμα στο Μετρό που υπεξαίρεσε 1,2 εκατ.€ από τις πωλήσεις εισιτηρίων.
Τη δίωξη μάλιστα του κου Παπαθανάση είχε προαναγγείλει ο υπουργός υποδομών, Χρήστος Σπίρτζης, ενώ ο ίδιος δεν είχε λάβει καν κλήση από τη δικαιοσύνη.
Ο Γιώργος Θωμόπουλος, ο οποίος ανέλαβε καθήκοντα στις αρχές του 2016, βρέθηκε κατηγορούμενος μετά από συμπληρωματικό πόρισμα της κας Παπασπύρου, όταν αποφάσισε να πραγματοποιήσει εσωτερικό έλεγχο στην ΣΤΑΣΥ προκειμένου να διαπιστώσει εαν πράγματι υπεξαιρέθηκε το ποσό αυτό.
Ο εσωτερικός έλεγχος έδειξε πως το ποσό που έλειπε από τα ταμεία της εταιρείας ήταν 16.000€ κι όχι 1,2 εκατ.€, όπως υποστήριζαν οι γενικοί επιθεωρητές δημόσιας διοίκησης.
Το τριμελές εφετείο κακουργημάτων μάλιστα κατάληξε στο συμπέρασμα πως δεν υπάρχουν αδιάσειστες αποδείξεις πως υπαιξερέθηκαν χρήματα από το Μετρό, και για το λόγο αυτό, καταδίκασε κατά πλειοψηφία 3 από τους συνολικά 11 κατηγορούμενους σε ποινή κάθειρξης έξι ετών με αναστολή, για υπεξαγωγή εγγράφων της εταιρείας.
Το αδίκημα της υπεξαγωγής αφορά στο γεγονός πως οι 3 καταδικασθέντες, που εργάζονταν ως επόπτες στην ΣΤΑΣΥ, κατέστρεψαν εσωτερικά έγγραφα της εταιρείας τα οποία αποτύπωναν συμφωνίες μεταξύ εκδοτών και καταμετρητών για την πώληση εισιτηρίων.
Το δικαστήριο κάλεσε τους επιθεωρητές δημόσιας δίοικησης να καταθέσουν στο δικαστήριο, ωστόσο η γενική επιθεωρήτρια Μάρη Παπασπύρου με έγγραφο που έστειλε ζήτησε να εξαιρεθούν καθώς ενεπλάκησαν στην προδικαστική διαδικασία.
Η εισαγγελέας κάλεσε ως μάρτυρες τον πρόεδρο του Δοικητικού Συμβουλίου της ΣΤΑΣΥ και κομματικό στέλεχος του ΣΥΡΙΖΑ, Σταύρο Στεφόπουλο, αλλά και τα πρώην μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου της εταιρείας, Γιώργο Βερβέρη και Σωτήρη Πέτρουλα, οι οποίοι είναι επίσης εδώ και πολλά έτη κομματικά στελέχη του κόμματος της Κουμουνδούρου.
Στις καταθέσεις τους και οι τρεις στήριξαν τις ενέργειες του διευθύνοντος συμβούλου, Γιώργου Θωμόπουλου, υποστηρίζοντας πως το πόρισμα που συνέταξε η Μάρη Παπασπύρου είναι διάτρητο και πως δεν υπάρχουν αποδείξεις για την υπεξαίρεση χρημάτων.
Η υπόθεση αυτή δημιούργησε εσωκομματική αναστάτωση στον ΣΥΡΙΖΑ και χρειάστηκε να πραγματοποιηθούν τουλάχιστον δύο συναντήσεις στο Μέγαρο Μαξίμου με τη συμμετοχή υψηλόβαθμων κυβερνητικών στελεχών, μεταξύ άλλων των Χριστόφορου Βερναδάκη και του Δημήτρη Τζανακόπουλου.